Sve češća nagađanja u javnosti da nedostaje dio transkripata vezanih uz pokojnog predsjednika dr. Franju Tuđmana, govore da i tako važni dokumenti mogu dobiti noge i nestati. Što je i koliko toga uistinu nestalo, pitanje je na koje se traži odgovor, a dobri poznavatelji prilika u Uredu predsjednika za vrijeme dr. Franje Tuđmana tvrde da je vrlo lako ustanoviti nedostaje li što. Ističu, naime, da je u arhivi Ureda predsjednika vođena knjiga svih odrađenih poslova, odnosno snimljenih i prepisanih razgovora. Podaci iz te knjige, dodaju, uspoređeni su s popisom dokumenata koji je svojedobno napravilo posebno Povjerenstvo za pečaćenje, pregled i popis arhive Ureda predsjednika i arhive predsjednika Republike, te popisom podataka označenih "državnom tajnom" u slučaju smrti predsjednika Republike. Taj je popis, pak, uspoređen sa stvarnim stanjem. Iz toga se, zaključuju, vidjelo što zapravo nedostaje.

Tadašnji predstojnik Ureda predsjednika dr. Ivica Kostović već je iznio podatak da je riječ o 14.000 službenih dokumenata koji su ostali u Uredu predsjednika. Dio koji se odnosi na stranačke stvari predan je HDZ-u, a dio koji se odnosi na obiteljske predan je obitelji Tuđman. Kad je riječ o 14.000 popisanih dokumenata, neki sumnjaju da su svi na broju, ali odbijaju dati ocjenu gdje bi mogli biti. U tu zbirku, inače, ulazili su svi razgovori koje je predsjednik službeno vodio sa stranim izaslanstvima, ali i svojim suradnicima. Zanimljivo je da neki podsjećaju kako je predsjednik svojim suradnicima, koji nisu bili na nekim sastancima, davao zapisnike s njih da ih prouče kod kuće. Je li tko na taj način stvarao svoju privatnu zbirku, može se samo nagađati. Međutim, ima i onih koji tvrde da je jednostavno nemoguće da bilo što od te velike dokumentacije koja je zapečaćena i arhivirana nedostaje.

Zadaće i obveze Povjerenstva - na čelu kojega je bio Krešimir Kašpar, članovi njegova zamjenica Zdravka Bušić, Vlado Čulina, Neda Sokač i Petar Mamić, a rad je počelo 15. prosinca 1999. i završilo 31. prosinca 1999. - propisane su dvjema odlukama Vlade. Ona od 16. prosinca 1999. odnosi se na način i postupak kojim će se odabirati i izdvajati zapisi ili dokumenti koji su nastali djelovanjem dr. Franje Tuđmana, a ona od 10. prosinca 1999. na zaštitu arhive Ureda predsjednika i arhive predsjednika Republike, te podataka označenih državnom tajnom u slučaju smrti predsjednika.

Vlada je svojom odlukom imenovala predstojnike Ureda predsjednika i predstojnika UNS-a, koji su se trebali brinuti o njezinu provođenju. Tako je predstojnik Ureda 26. siječnja 2000. izvijestio Vladu o provođenju te odluke. U tom izvješću piše da su zapisi i dokumenti koje je sastavio i donio dr. Franjo Tuđman kao predsjednik HDZ-a, te koji su dr. Tuđmanu upućeni kao predsjedniku HDZ-a, popisani i zapisnički predani Predsjedništvu HDZ-a. Zapisi i dokumenti koje je sastavio i izradio dr. Tuđman kao privatna osoba poslani su i zapisnički predani na raspolaganje nasljednicima dr. Tuđmana, a zapisi i dokumenti s oznakom "državna tajna" i drugim oznakama, koji su upućeni dr. Tuđmanu u svojstvu predsjednika Predsjedništva RH i predsjednika Republike, Povjerenstvo Ureda predsjednika i Povjerenstvo UNS-a zapisnički su popisali i pohranili u Uredu predsjednika Republike u posebne metalne blagajne.

Jedno od brojnih pitanja jest i što je sve od zapisa i dokumenata dobila obitelj Tuđman. Nagađa se da su u tom dijelu brojni razgovori koje je Tuđman vodio i sa svojim suradnicima, ali na kojima nije bilo nikakve oznake tajnosti. Tako se pretpostavlja da se tu nalaze razgovori sa Zlatkom Canjugom o NK Croatiji, dr. Ivićem Pašalićem o uređenju muzeja u Velikom Trgovišću, a neki ističu da bi se tu mogli naći čak razgovori koje je dr. Tuđman vodio s Markicom Rebićem o čajevima.